Ultimate Spider-Man es un juego de desplazamiento lateral, dividido en siete "temas", cada uno de los cuales contiene tres capítulos.
El juego permite a los jugadores controlar a Spider-Man y Venom.
Esta versión presenta solo tres personajes principales además de los dos protagonistas: Shocker, Silver Sable y Carnage (técnicamente, solo hay dos jefes ya que Shocker solo aparece brevemente y nunca luchas contra él). A diferencia de los juegos de consola, PC o Nintendo DS.
, esta versión cuenta con un suministro limitado de fluido web de Spider-Man, solo se puede rellenar recogiendo marcadores especiales dispersos por los niveles o arrojados por los enemigos.
Además, los jugadores pueden optar por recopilar potenciadores ocultos para obtener más capacidad de fluido web u obtener nuevos movimientos y habilidades tanto para Spider-Man como para Venom.